Innan projektet påbörjas ska partnerskapet arbeta fram en partnerskapsöverenskommelse som reglerar alla deltagande partners ansvar i projektet. Projektledaren som partnerskapet utser gemensamt har en central roll i genomförandet: han/hon styr samarbetet och kommunikationen inom partnerskapet samt utåt mot Programsekretariatet och övriga som är intresserade av projektet. 

Partnerskapsöverenskommelsen skall innehålla bestämmelser som ger garantier för en sund ekonomisk förvaltning, inklusive rutiner för hur felaktigt utbetalda belopp skall betalas tillbaka. Det är Lead Partnerns ansvar att utarbeta en partnerskapsöverenskommelse och försäkra sig om att alla partners har skrivit under innan projektets första ansökan om utbetalning.

Det rekommenderas att partnerskapsöverenskommelsen inkluderar följande:

Regler för partnerskapsöverenskommelsen

• Tidsperiod för partnerskapöverenskommelsen samt föremål för överenskommelsen (normalt samma som projektet)
• Villkor för hur man gör ändringar i partnerskapsöverenskommelsen

Partnerskapet

• Partnerskapets organisation och projektstruktur (styrgrupper etc.)
• Möjliga samarbeten med tredje part
• LP/Prosjekteiers roll och ansvar samt de andra partners roll och ansvar i projektet (bifoga aktivitetsplanen från ansökan som ger en översikt over projektets aktiviteter)
• Vad som händer om någon partner inte efterlever avtalet
• Hur förändringar i partnerskapet undgås samt hur man reder ut konflikter

Ekonomisk förvaltning

• Förklaring kring vilka kostnader som är stödberättigande i projektet
• Krav på finansiell kontroll och revision som partners måste efterleva
• Hur gemensamma kostnader ska finansieras och fördelas

Projektet

• Gemensamma projektmål
• Viktiga deadlines (speciellt för projektrapportering) och vad som händer om någon partner inte efterlever dem
• Rapportering och dokumentation som partner måste genomföra som en del av projektet
• Hur man ska informera om projektet och sprida dess resultat
• Hänvisning till aktivitetsbudget, där det framgår med vilka resurser varje partner bidrar.