Öresund-Kattegat-Skagerrak programmet er et program som er vokset frem gennem diskussioner mellem de tre regeringer, nationale og regionale myndigheder. De tre regeringer valgte at skabe et større mere samlet program med to tydeligt definerede delprogrammer for henholdsvis Øresundsregionen og Kattegat/Skagerrak-regionen. En sådan løsning gør at de problemer, udfordringer og muligheder, som findes for hele det udpegede område kan håndteres i fællesskab, samtidig som en fordybet integration kan ske i de respektive delprogrammer. Forudsætningerne for grænseoverskridende samarbejde er forskellige i de to delprogrammer.

Kattegat/Skagerrak er en stor region som kendetegnes af sine maritime grænser. Havene Kattegat og Skagerrak både forener programområdet og giver store muligheder for samarbejde. der findes allerede en del samarbejde i regionen, som dette nye program kan bygge videre på.

I forhold til andre grænseregioner er Øresundsregionen kommet langt - Øresundsregionale organisationer er blevet etableret og grænseoverskridende samarbejdsprojekter igangsat, indenfor en række tematiske områder. Øresundsregionen er også geografisk set en sammenholdt region. Med den valgte programstruktur for Öresund-Kattegat-Skagerrak kan det arbejde som er gjort i Interreg IIIA Øresundsregionen bibeholdes og videreudvikles og nye muligheder skabes for et tættere samarbejde i Kattegat/Skagerrak-regionen samtidig med at det potentiale, der findes for et øget samarbejde i hele geografien, varetages.