Følgende organer skal udnævnes til at gennemføre programmet:
- Overvågningsudvalg (Övervakningskommitté)
- To Styringsudvalg (Styrkommitéer)
- Forvaltningsmyndighed
- Norsk Förvaltande Organisation
- Attesteringsmyndighed
- Revisionsmyndighed (Myndigheden bistås af en revisonsgruppe, bestående af repræsentanter fra Sverige, Danmark og Norge)
- Fælles teknisk Programsekretariat (lokaliseret i København og Kungsbacka)
Overvågningsudvalget består af repræsentanter fra nationale myndigheder, regionale myndigheder, arbejdsmarkeds parter samt repræsentanter for miljø og ligestilling fra de tre deltagende lande. Europakommissionen deltager som observatør. Det er bl.a. Overvågningsudvalgets opgave at kontrollere at EUs retningslinier og forordninger overholdes.
Et styringsudvalgs opgave er at varetage gennemførelsen af programmet bl.a. gennem de konkrete beslutninger om godkendelse eller afslag til de enkelte projekter. Der er nedsat to Styringsudvalg (Styrkommittér) for henholdsvis delprogram Öresund og for delprogram Kattegat/Skagerrak for at sikre at beslutningerne tages så tæt på projekterne som muligt samt for at sikre en politisk bevågenhed i de to delområder.
Den svenske nationale myndighed Tillväxtverket har rollen som Forvaltningsmyndighed for hele programmet. Det betyder blandt andet at Tillväxtverket underskriver projekternes tilsagn om støtte, men også, at Tillväxtverket udbetalter EU-støtten til projekterne. Forvaltningsmyndigheden er lokaliseret i Malmö.
For Norge som ikke EU-land har man en norsk Forvaltende Organisation som blandt andet er ansvarlig for at udbetale programmidler til norske partnere. Østfold fylkeskommune har rollen som norsk Forvaltande organisation.
Attesteringsmyndigheden har bla. det overordnede ansvar for modtage EU-midler fra EU Kommissionen. Attesteringsmyndighed er lokaliseret i Stockholm hos Tillväxtverket.
Det fælles tekniske sekretariat består af et kontor i Kungsbacka og et i København. Kontoret i Kungsbacka løser opgaver i forhold til Kattegat/Skagerrak-regionen og servicerer Kattegat/Skagerrak-styringsudvalget. Kontoret i København løser opgaver i forhold til Öresundsregionen og servicerer Öresund-styringsudvalget.
