Der er ét fælles Overvågningsudvalg for Öresund-Kattegat-Skagerrak-programmet.

Overvågningsudvalget består af 8 nationale og regionale/lokale medlemmer og 8 suppleanter fra hvert land. Näringsdepartementet i Sverige, Erhvervs- og Byggestyrelsen i Denmark samt Kommunal- og Regionaldepartementet i Norge udpeger de respektive landes medlemmer og suppleanter i Overvågningsudvalget. Udover de nationalt udpegede medlemmer har Kommissionen en plads som rådgiver i Overvågningsudvalget.

Formandskabet i Overvågningsudvalget skifter hver år mellem Näringsdepartementet og Erhvervs- og Byggestyrelsen, Näringsdepartementet har formandskabet i 2008.

Overvågningsudvalget skal sammen med Forvaltningsmyndigheden (FM) sikre kvaliteten og effektiviteten i gennemførelsen og redegøre for gennemførelsen. Overvågningsudvalget har bl.a. ansvaret for udvælgelsen af projekter, der vedrører begge programområder.