Sveriges, Danmarks och Norges regeringar har genom överenskommelse utsett den svenska myndigheten Verket för näringslivsutveckling (Tillväxtverket) till Förvaltande Myndighet (FM) för programmet.

Den förvaltande myndigheten är lokaliserad till Tillväxtverkets programkontor i Malmö, Sverige.

FM har ansvar för förvaltning och genomförande av programmet. Det innebär att FM koordinerar och samordnar arbetet med programmet och de olika organ som utsetts att bistå FM i genomförandet. FM ansvarar för att alla projekt och aktiviteter är förenliga med gemenskapens förordningar. Förenligheten kommer att bli undersökt innan ärendet tas upp av Övervakningskommittén eller Styrkommittéerna samt kontrollerad i samband med utbetalning av medel.