Programmet har et programsekretariat, med et kontor i København med Öresundskomiteen som værtsorganisation, og et kontor i Kungsbacka med Region Halland som værtsorganisation. Kontoret i København servicerer projektansøgere i Öresundsregionen og kontoret i Kungsbacka servicerer projektansøgere i Kattegat/Skagerrak-regionen.

Programsekretariatet står således parate til at rådgive og vejlede potentielle ansøgere i programmet. Programsekretariatetet har desuden en vigtig rolle i forhold til at støtte projekteterne i deres gennemførelse af projektet - gennem bl.a. erfaringsudvekslingsseminarer og lignende aktiviteter.

Programsekretariatet fungerer som sekretariat for de respektive Styringsudvalg/Styrkommittéer.

De to programkontorer (København øverst) fotograferet i april 2010 og august 2010)