I Öresund-Kattegat-Skagerrak programmet er der nedsat to styringsudvalg, et for hvert delprogram.

To Styringsudvalg (Styrkommittéer), ét udvalg for delprogram Kattegat/Skagerrak og ét udvalg for delprogram Öresund, behandler de konkrete projektansøgninger og prioriterer/udvælger de enkelte projekter til godkendelse eller afslag, hvorefter Forvaltningsmyndigheden på baggrund af udvalgenes udvalg underskriver det formelle tilsagn/beslut om støtte til projektet.

Styringsudvalget for delprogram Öresund er blev nedsat i 2007. Det er hensigten at styringsudvalget skal mødes 4 gange om året for at træffe beslutning om projekter i delprogrammet Öresund. Udvalget består af 16 medlemmer og 16 suppleanter.

Styringsudvalget for delprogram Kattegat/Skagerrak består av 18 medlemmar och 18 suppleanter. Det er hensigten at styringsudvalget skal mødes 2 gange om året for at træffe beslutning om projekter i delprogrammet Kattegat/Skagerrak.